本編をクリアすると、様々なモードがプレイできるようになります。
*THE MERCENARIES
通常版にもあった、制限時間内に多くの敵を倒して、ハイスコアを競うモードです。
*「シェバ」
NEW GAME+で、「シェバ」を使えるようになります。
*難易度「プロフェッショナル」
ベテランで全チャプターをクリアすると、新たに選択できるようになります。
*4つのコスチュームが追加
オルタナティブエディションから追加された、4つのコスチュームが「SPECIAL SETTINGS」の「COSTUME SELECT」で選べるようになります。
*DESPERATE ESCAPE
通常版から追加されたエピソードがプレイできるようになります。
*THE MERCENARIES REUNION
通常版から追加されたキャラクターで、マーセナリーズをプレイできるようになります。
*EXTRA FIGURES
通常版から追加された特殊なフィギュアを閲覧できるようになります。