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*新キャラクターデボラ
-デボラ専用の武器・防具も新登場しています
*フィールドマップの縮小
-DS版は全体的にフィールドマップが縮小されています。(暗黒世界などは特に)
*立体的表現の修正
*一部ダンジョンの変化
-天空への塔がPS2版と全く異なります。むしろリメイク版(PS2版)ドラクエ4的な構造になっている。
-迷いの森がPS2版と全く異なります。
-チゾットの山道が見やすくなっています。
-ボブルの塔の外側の階段が変わっています。
*新モンスターの追加
-「プリズニャン」と「アークデーモン」がDS版のみに登場します。いずれも仲間にすることが可能
*単体コマンドとしての「逃げる」廃止
-PS2版では、味方一人ずつに「逃げる」というコマンドを実行させることが可能で、これを使うことで逃げれる確率を高めることができました。DS版ではこれが廃止に
*タルや壺を持ちあげない
-PS2版でタルや壺の中身を入手するとき、「持つ」→「投げる(割る)」という2回の行動が必要でしたが、DS版は「割る」のみの動作で済むように
*スライムタッチ
-DS付属のタッチペンを使ったミニゲームです。アイテムを入手することも可能
-デボラの部屋で遊べます。
*オリジナル名産品の作成と交換
-DS版では自分だけのオリジナルの名産品を作ることができます。
-DSのすれ違い通信機能を使い、他の人が作ったオリジナル名産品と交換するということも可能となります。