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|エリア|フラグメント|入手方法|h
|ネオ・ボーダム -AF003年-|ゴグマゴクの種子α|[[ゴグマゴクを倒す>EPISODE1 コクーンのない世界]]|
|~|ゴグマゴクの種子β|[[ゴグマゴクを倒す>EPISODE1 コクーンのない世界]]|
|~|ハートプリズム|[[ナウルに医療キットを渡す>EPISODE1 コクーンのない世界]]|
|~|グラビトンコア・アルファ|ネオ・ボーダム|
|ビルジ遺跡 -AF005年-|巨兵アトラスの種子|[[アトラスを倒す>EPISODE2 不可視の侵略者]]|
|~|ガストの種子|詳細:ガストの種子|
|~|ふわふわクリスタル|[[時の迷宮をクリア>EPISODE2 不可視の侵略者]]|
|~|ウィタ・リリカ|詳細:ウィタ・リリカ|
|~|アニマ・ミセリア|詳細:アニマ・ミセリア|
|~|ウニオ・ミスティカ|詳細:ウニオ・ミスティカ|
|~|アルス・シンフォニカ|詳細:アルス・シンフォニカ|
|ビルジ遺跡 -AF100年-|カラヴィンカの種子||
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|ビルジ遺跡 -AF300年-|||
|~|イリジウムリング(400CP)|マップ(D-7)でダジャレ比べをする|
|~|プラチナリング(400CP)|マップ(C-2)に出現する宝箱(要モーグリハント)|
|~|ミスリルリング(400CP)|マップ(J-5)にいる中佐に話しかける|
|ヤシャス山 -AF010年-|アロアダイの種子|[[アロアダイを倒す>ヤシャス山 -AF010年-]]|
|~|パトス宝珠|マップH2、石像の顔の辺り(要ハント・要モグ投げ)|
|~|ミザリー宝珠||
|~|アムール魔珠|詳細:アムール魔珠|
|~|イノセンス聖珠|なくした時計を探す|
|ヤシャス山 -AF01X年-|||
|~|ゴルギュラの種子||
|~|クロトーの宝玉||
|~|ラケシスの宝剣|詳細:ラケシスの宝剣|
|~|アトロポスの宝鏡||
|ヤシャス山 -AF100年-|||
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|ヲルバ郷 -AF200年-|時の星砂|[[時の迷宮をクリア>ヲルバ郷 -AF200年-]]|
|~|時の貝殻|[[時の迷宮をクリア>ヲルバ郷 -AF200年-]]|
|~|時の珊瑚|[[時の迷宮をクリア>ヲルバ郷 -AF200年-]]|
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|サンレス水郷 -AF300年-|||
|~|ふしぎなたまご|マップで宝14(要モグ投げ)|
|アルカキルティ大平原|ブラックホールジェム|マルドゥークを倒す|
|~|ゴブリンの種子|詳細:ゴブリンの種子|
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|~|もこもこ石|詳細:もこもこ石|
|~|薄紅水晶|(K-5)にあるサボテンダーの石碑に触れる|
|~|群青水晶|(L-8)にあるサボテンダーの石碑に触れる(要モーグリハント)|
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|~|深緑水晶|曇りの時(I-9)にあるサボテンダーの石碑に触れる(要モーグリハント)|
|~|浅黄水晶|(D-5)付近にあるサボテンダーの石碑に触れる(要モーグリハント)|
|~|水晶||
|コロシアム -年代不明-|ホワイトホールジェム|イベントにて入手|