初回クリア後、フラグメントスキル「グランドクロス」をONにすることで、条件を満たすとパラドクスエンディングを見ることができます。
写本:巨兵たちの大戦
「ビルジ遺跡 -AF005年-」でゲートを閉じ、制御装置を使わずにアトラスを倒し、
「アルカキルティ大平原 -XXX年-」へ行くとパラドクスエンディングへ。
エンディング後、フラグメント「写本:巨兵たちの大戦」と10000CPを獲得。
写本:ふたりの門出
「新都アカデミア -AF4XX年-」で「約束のリバースロック」を使ってゲートを閉じ、初めからやり直す。
グラビトンコア5つ渡したあとのイベントで、アリサからオーパーツを受け取るときに「受け取らない」を選択するとパラドクスエンディングへ。
エンディング後、フラグメント「写本:ふたりの門出」と30000CPを獲得。
「約束のリバースロック」は「死にゆく世界 -AF700年-」で入手できます。
写本:とこしえの安息
「時空の狭間 -年代不明-」でのラストのライトニングからの選択肢で「この世界を受け入れる」を選択する。
(初回プレイ時にこのエンディングを見ていない場合は、「死にゆく世界 -AF700年-」で入手できる「約束のリバースロック」で、
「新都アカデミア -AF4XX年-」のゲートを閉じてアリサからオーパーツも受け取り、通常通り進行すると「時空の狭間 -年代不明-」へ行けます。)
エンディング後、フラグメント「写本:とこしえの安息」、1500CPを獲得。