特定のフラグメントを一定数集め、ザナドゥのチョコボシスターに話しかけるとフラグメントスキルを獲得できます。
|名称|効果|取得タイミング|h
|モーグリキャッチャー|何もない空間からお宝を発見する、モーグリの新たな能力です。|EPISODE3A&3Bクリア後|
|モグクイック|||
|デフレーション|ショップでアイテムを安く買えるようになります。|EPISODE5クリア後|
|インフレーション|ショップでアイテムが高く売れるようになります。|EPISODE3A&3Bクリア後|
|チョコボミュージック||ザナドゥフラグメントコンプ後|
|反重力ジャンプ|重力に逆らって大きくジャンプします。|EPISODE5クリア後|
|フィールドキル||学位・モンスター博士取得後|
|モンスターコレクター||ヴァイルピークス全年代フラグメントコンプ後|
|エンカウントマスター||ビルジ&ヤシャス全年代フラグメントコンプ後|
|バトルマニア||学位・パラドクス博士取得後|
|いつでもグロウエッグ||ビルジ&ヤシャス全年代フラグメントコンプ後|
|女神の視点||ビルジ&ヤシャス全年代フラグメントコンプ後|
|クロックマスター||全フラグメント取得後|
|グランドクロス||ラスボス撃破後|