本作はamiiboに対応しています。 新しいピクミンのamiiboもソフトと同日の7月13日に発売予定です。 ゲーム内でタッチすると、好きなときにピクミンを呼び出せます。
対応しているかは不明ですが、ピクミン関係の既存amiiboは以下のとおりです。