夕日に照らされた街、トワイライトタウン。 ソラは自身の分身ともいえるロクサスを捜すため、再びこの街を訪れた。 前の冒険で知り合ったハイネ、ピンツ、オレットも協力し、 「もう一つのトワイライトタウン」に手掛かりを求めて調査に乗り出す。