百年目の怪物――。
その怪物は、百年に一度必ず現れ、全てを喰らい、増え続ける……恐るべき存在。
百年目の怪物に備えるため、アイオニア聖皇国は長きに亘り、全土に過重な負担を強いて従属させてきた。
しかし、時が経つにつれて、過重な負担に不満を募らせた地方都市は次々独立を宣言。
当初はアイオニア聖皇国と地方勢力との間に大規模な軍事衝突が起こり、
双方に多くの死者が出たこともあったが 皮肉にも百年目の怪物の存在が、双方を和解させることとなる。
アイオニア聖皇国は、有事の際にはアイオニアの旗の下、力を合わせることを条件に地方勢力の独立を承認。
以来、表面的には平和な時が流れ……今年が丁度、百年目――。
テルベの里の若者、主人公、ミュラ、ジーノの三人は、百年目の怪物に備え、修行の日々に明け暮れていた。
ある日、砦の遺跡での修行の帰り道に、主人公達は見たこともない怪物と遭遇する。
倒しても倒しても増え続ける怪物を前に、成すすべなく敗走する主人公たち。
砦の遺跡へ逃げ込んだ主人公たちの前に突如現れる、謎の少年ゼフォンによって
百年前の世界へ飛ばされてしまう主人公たち。
そこで彼らは、前の百年目の怪物を退けた英雄たちと出会う――。
時を越えて紡がれる、新たなる百万世界の物語。