・ゲームシステムは前作「マリオカート8」と変わらず。前作にて発見された大幅なタイム短縮が可能なテクニックは殆どが廃止された。
・初期の状態から全キャラクター、全48コース(DLC含)が開放されている。
・エレクトロドリームなどの一部のコースの背景にオブジェクトや効果音などが追加されている。
・キャラクター、マシンパーツ、アイテムの性能に再調整が行われ、より快適なレースやバトルを体感出来るようになった。
・「マリオカート8」の発売後に配信された追加DLC第1弾、第2弾に収録されているマシンパーツが通常通りに開放される。
・一部隠し要素の開放条件が変更された。
マリオカートWiiに登場したキングテレサ、カロン、クッパJr.が正式にプレイアブルキャラとして復活。
Wii U専用ソフト「Splatoon (スプラトゥーン)」からゲストとしてインクリングのボーイ、ガールが新たに参戦。
マリオカートDSにて登場した「テレサ」が復活。
バトルモード限定で「ハネ」が追加された。(詳細はアイテムを参照)
前作ではアイテムストックを1つしか所持できなかったが、今作では2つ所持することが可能になった。
上下に二つあるアイテムボックスが登場。アイテムのルーレット決定が2つとも早くすることができる。
前作では「ふうせんバトル」のみであったが、
GCにて発売されたマリオカート ダブルダッシュ!!にて収録されたモード、「ドッカン!ボムへい」や「いただきシャイン」の他
Wiiにて発売されたマリオカートWiiにて収録されたモード、「あつめてコイン」が復活した。
今作初登場で逃走と捕獲に分けて戦うケイドロに似た新モード、「パックンVSスパイ」が追加。
また、バトルモード向きに全マシンの性能が調整されている。
Splatoonシリーズのamiiboやどうぶつの森シリーズのamiiboに新規対応。(amiibo参照)