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第四章をクリアすると、下記の要素が追加されます。
-エクストラに「VORCALOID」機能が追加。
-OUTER OPSにてメタルギアZEKEが出撃可能になる。
-EXTRA OPSに下記ミッション追加。
--【014】フルトン回収
--【022】敵兵殲滅
--【032】機密書類回収
--【067】パスとデート
--【103】対装甲車戦:LAV-typeG
-パス、ストレンジラブ、ザドルノフが仲間に加わる。
-ブリーフィングファイルの資料ファイルに「EVAからのメッセージ」が追加。
-第五章のミッションが出現。