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近未来――。
人類は未知のウイルスで脅威にさらされていた。
驚異的な変異速度と攻撃性を有するこのウイルスに対抗すべく、
人類は「ナノダイブ・オペレーション・システム」を開発。
一時的にナノレベルまで縮小された人間 - ナノダイバー ‐ を体内に送り込み、
直接、ウイルスを駆逐すると同時に、サンプルを採取する方法を確立した。
そして、過酷な訓練と厳しい選考の末に、新たなひとりのナノダイバーが誕生した。
物語はここから始まる。