かつてエゥーゴでアムロたちと共に戦ったシャア・アズナブルは、 ネオ・ジオン軍を率い、腐敗し続ける地球連邦に対し、宣戦を布告。 地球へ小惑星フィフス・ルナを落とす。それに対し、 アムロは自らが設計したνガンダムを駆り、シャアとの最後の戦いに挑む。