ストーリー
地球は今、イルミダス星からの侵略者によって完全なる支配下に置かれていた。
かつては敢然と立ち向かった軍も、今は金のためにしか戦わない傭兵ばかりで占められている。
支配される地球人たちは、搾取されるまま貧困にあえぐしかなかった…。
だが、絶望的な状況の中でも反旗を翻す者たちがいた。
手配ナンバー『S-00099』…宇宙海賊キャプテンハーロック。
手配ナンバー『S-00098』…ハーロックの相棒・大山トチロー。
手配ナンバー『X-00001』…女海賊エメラルダス。
彼らはコードナンバーS・S・Xと呼ばれ、イルミダスから、そしてその軍門に下った地球連合軍から追われる身となる。
しかし決して振り返ることなく、宇宙戦艦アルカディア号に乗り込み、理想郷を目指して大宇宙へと乗り出してゆく!
登場機体
登場パイロット