宇宙世紀0093。 行方不明になっていたシャア・アズナブルは、ネオ・ジオン軍を再興。 宇宙植民者の声に耳を傾けず、地上で惰眠をむさぼり続ける地球連邦政府に対し、戦いを挑んできた。 隕石を地球に落し、気象条件を変え、人工的な氷河期を作ろうというのだ。 人間が地球に住めなくなるだけでなく、多くの罪のない人々が、シャアの手で粛正される。 かつてのライバル、アムロ・レイは、敢然とシャアの野望にたちふさがる!