謎の巨大生物:インベーダーと人類との戦争がゲッターロボの活躍によって終結した3年後、突如インベーダーが地球に襲来した。 流竜馬の手によって死んだはずの早乙女博士も謎の復活を遂げ、浅間山を根城にゲッタードラゴン軍団を率い人類に対して宣戦布告。 解散したゲッターチームは再結成し、投獄されていた流竜馬も戦場に戻り大激戦を繰り広げることになった。 謎が謎を呼ぶ状況の中、不思議な少年ゴウの叫びに呼応しゲッタードラゴン軍団は真ドラゴンへ覚醒を始める・・・・。