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西暦2058年 ―― 帝都東京。
突如始まった“ミーム”と呼ばれる螺旋情報柱体の侵略により、
人類は滅亡の危機に瀕していた。
侵略者ミームは実体を持たない情報だけの
集合生命体であり、人々を襲い次々と吸収、同化。
その3年に及ぶ激しい攻勢により、
地球人口の半数が失われる。
地球側劣勢の中、対ミーム機関、
帝国防衛第六特務機関“帝特六機”では
司令官である鷹乃巣 禊の下、ミームによって肉体の一部を
侵略された者達が集結。
蒼く輝くミームの拠点 “月面ストラタス”から飛来する
巨大生体侵攻兵器 “特異点”に絶望的な闘いを
挑んでいった。
過去にミームの侵食を受け、防疫所に監禁されていた
九断征四郎は、その特異な経歴に目を付けた禊によって強制的に
帝特六機に編入させられる。
政府の無策によって引き起こされた妹の死や、対特異点の
“兵器”として自身を扱う帝特六機に対し強い不信を抱きながらも、
青年は闘いに身を投じていくことになる……。