ガノンに捕まったゼルダ姫の元に現れたのは剣士リンク。 激しい戦いの末、見事ガノンを倒したものの、 リンクは謎の裂け目に飲み込まれて消えてしまいました。 神隠し…… 広大なハイラルの各地に謎の裂け目が生まれるそれは、 リンクだけでなく、ハイラル中の人やモノ、 そして、ハイラル王やその側近たちまでも飲み込んでしまいました。 残されたゼルダ姫は、父であるハイラル王を、民を そして、リンクを救うためハイラル中を巡る冒険へと旅立ちます。