*GC版との違い
-グラフィックの向上
-主観移動が可能に
-「快速の帆」の追加。船のスピードアップができる。(タウラ島のオークションで入手)
-カメラの視点をオプションで変更可能に
-チンクルボトルの導入。Miiversを使ったもの。
-様々な時間短縮。タクトを振る時間、カギつめロープが引っかかる時間、メッセージ表示時間など。
-トライフォースのマップが8枚から3枚になり、トライフォース集めが楽に。
-森の水の効果時間が、20分から30分になりました。
-一度話した魚男の話は海図画面からいつでも見れる。
-ニテン堂で一度にたくさんの写し絵を受け取ってくれる。
-写し絵の箱は「森のホタル」を捕まえなくても最初から「写し絵の箱DX」になっている。
-写し絵の箱に保存できる写真が3枚から12枚に増えました。
-自分撮りが可能に。
-「ゼルダの伝説 スカイウォードソード」にあった辛口モードの追加。
-チンクルを助けないと「船の帆」が入手できない。
-宝のマップが41枚から46枚に増加。
-チンクルシーバーなしでチンクル像が入手可能。
-最初のサイフの最大所持可能額が200から500ルピーに増加。これによりサイフをサイズアップしなくても一応クリア可能。
-マジックシールドはダメージを受けるとルピーが減るようになっている(元はMP消費)。