見知らぬ工場で目を覚ましたヒロイン『こはく』彼女の前には奇妙な剣があった。 その剣は意思をもっており『エグゼブレイカー』と名乗る。
エグゼブレイカーには刻(とき)を３秒間だけ戻す力『ウロボロスシステム』を有していた。 状況もわからないままエグゼブレイカーに案内されるこはく。 進んでいくとそこにはこはくが住む海上都市『コーゲン・シティ』の変わり果てた姿が。
こはくはエグゼブレイカーと共に廃墟と化したコーゲン・シティの謎に迫る。
