黄金のバナナという世紀の大発見に沸くインゴス島。 バナナが大好きなドンキーコングもこの地を訪れていたが、 突如襲った大嵐に巻き込まれ、地下深くに飛ばされてしまう……。 飛ばされた先で言葉をしゃべる「ふしぎな岩」と出会い、ともに冒険することになったドンキーコング。 なんとその岩の正体は、特別な歌声を持つ少女ポリーンだった！ とにかくバナナが欲しいドンキーコング。 何とか地上に帰りたいポリーン。 どんな願いもかなうといわれる星の中心を目指して、 ふたりは奇妙な地下世界を冒険することに……。
