大いなる脅威「シン」が破壊を繰り返すスピラ。 召喚士ユウナは仲間たちと「シン」討伐のために旅立ち、 犠牲を払いながらも倒すたびに何度も復活していた「シン」を完全に消滅させた。 「シン」の脅威が去って2年 穏やかな、しかし何か物足りない日々を過ごしていたユウナは スフィアに残った不思議な映像を見る。 そこにはかつて一緒に旅をした仲間に似た青年が映し出されていた。 「シン」の消滅とともに消えてしまった"彼"なのだろうか？ "彼"は世界のどこかに存在しているのだろうか？ 真実を確かめるためにユウナは再び旅立つ。
