母なる惑星グラディウス。 この美しき星に亜時空星団バクテリアンの侵略の魔の手がのび、激しい戦いを繰り広げていた。 その猛攻撃により絶滅の危機に瀕している惑星グラディウスは、最後の手段である超時空戦闘機ビックバイパーを発進させることになった。
目指すは敵要塞ゼロス。 この壮絶な戦いに終止符を打つには、敵軍の真っただ中へ進撃し、その中枢を壊滅させるほか手立てはないのだ。
さあ、発進だ！
ビックバイパーが今、壮大なる暗黒宇宙へ飛び立った。
