ストーリー

ピーチ城の庭で過ごしていたマリオとルイージ。2人は突然現れた不思議な空間に吸い込まれ、大海原が広がる世界「コネクタルランド」に迷い込んでしまう。

見知らぬ土地に降り立ったマリオたちは、コネクタルツリーという大きな樹が生えた「船島」へとたどり着く。そこで出会ったのは、心優しき少女「コネッタ」とブタの貯金箱のような見た目の「タップー」。

マリオたちはこの世界の住人であるコネッタから、ひとつだった大地が何者かの手によってバラバラにされ、いくつもの島に分かれてしまったことを知らされる。

窮地に陥ったコネクタルランドを救うため、マリオとルイージはバラバラの大地をひとつにする「島つなぎの冒険」に出かける。

バラバラの大地をつなぐため、漂流する島々を訪れるマリオとルイージ。そこでは2人に協力してくれるさまざまな人物との出会いが。

その一方、マリオたちの行く手をはばむクセ者たちも登場。暗躍する謎の集団や、おなじみの大魔王の姿も……。

マリオとルイージは船島とともに大海原をめぐる。 しかし、コネクタルランドにはさらなる脅威が待ち受ける。