ストーリー

キノコワールドの平和を取り戻したマリオとルイージの2人は、ピーチ姫とゆっくりバカンスを楽しむために、
はるか南の不思議な島国「恐竜ランド」のヨースター島へと旅立ちました。


ところが島に着いてまもなく、ピーチ姫が突然姿を消してしまったのです。
必死で島中を探し回る2人は、やがて島のはずれで不思議な卵を発見します。
じっと見つめる2人の前で、卵の中から出てきたのは奇妙な姿のドラゴンでした。
「ヨッシー」と名乗るそのドラゴンは、マリオたちに話しかけました。


「最近この恐竜ランドにカメの姿をした化け物が現れて、魔法でボクの仲間たちを卵の中に閉じ込めてしまったんです。
ボクは仲間を助けにいこうとしたんですが、やつらはとても強くて、結局ボクまで魔法をかけられてしまいました…。
お願いです、ボクといっしょに仲間を助けにいってくれませんか？」


何ということでしょう。
大魔王クッパは全然こりていないようです。
きっとピーチ姫はクッパの手下にさらわれたのでしょう。
こうして2人は、ヨッシーの仲間とピーチ姫を助けるために新たな冒険を始めることになったのです。