天青学園に転向した【主人公】は、 転校初日に【竜ケ崎ヒイロ】と出会い、 シャドウバースと【シャドバ部】のことを知る。
主人公はシャドウバースを楽しむために、 シャドバ部に入部することを決意する。 しかし、シャドバ部は活動をやめてしまっており、 【廃部寸前】の状態だった！
あきらめきれないヒイロと主人公は、 【シャドバ部の復活】を目指すことになる。 そのことがきっかけとなり、 主人公は様々な事件に巻き込まれていく……。
