1986年。 日本の若き武術家、芭月涼は父の死をめぐる謎を追って、残された唯一の手掛かりである鳳凰鏡を手に中国大陸に渡る。 香港・九龍城での激闘を経て、さらに奥地へと向かった涼は、その途中で不思議な少女、玲莎花との運命の出会いを果たす。 やがて二人は、桂林・白鹿村で鏡と同じ巨大な龍と鳳凰のレリーフを発見し「シェンムーⅢ」への新たな物語の扉が開かれた。
