ゼロによる反乱「ブラックリベリオン」が失敗して1年。 黒の騎士団は地下に潜り、ゼロは死んだと発表された。 ルルーシュは父であるブリタニア皇帝シャルルのギアスにより、偽りの記憶を植え付けられ、 平穏な日々を過ごしていたが、Ｃ．Ｃ．との再会により失った記憶とギアスの力を取り戻す。 求めるのは、神聖ブリタニア帝国によって連れ去られたナナリーを取り戻し、 彼女が平穏な日々を過ごせる世界を創ること……魔神ゼロの復活だ。
