アフターコロニー 196年―― マリーメイア率いる反乱軍は、外務次官として活躍するリリーナを拉致し、地球圏統一国家に宣戦を布告。 平和が訪れたはずの世界、再び戦火に包まれようとしていた。反乱軍を食い止めるため、行動を起こすヒイロとデュオ。 しかし二人の前に現れたのは、反乱軍の軍服に身を包んだトロワと五飛だった。 一方、ガンダム4機を搭載し太陽に向かう廃棄惑星を追うカトル。 動き始めた真の「オペレーション・メテオ」を、少年たちは食い止めることができるか……。
