宇宙世紀0088年、エゥーゴとティターンズの戦いは、エゥーゴ側の勝利として一応の決着をみた。 しかし、途中から参戦してきたアクシズは双方が疲弊したのを好機ととらえ、「ネオ・ジオン」を名乗りコロニー制圧に動き出す。 サイド１のコロニー“シャングリラ”でジャンク屋を営み生計を立てている少年「ジュドー・アーシタ」は、 激戦で傷ついたアーガマが休息のため寄航したのを知る。大金を得るためにＺガンダムを盗みだそうと、 アーガマに潜入するジュドー……それは新しい物語のはじまりだった。
