舞台は、とある惑星集団ライラット系。 かつて天才科学者と言われた悪の皇帝アンドルフは、 自分を追放したコーネリア星を逆恨みし、自らの軍隊を率いて突如攻め込んできたのであった。 「やとわれ遊撃隊」ことスターフォックスの4人は、 コーネリア防衛隊のジェネラル・ペパーの要請に応じ、母鑑グレートフォックス号に乗って登場。 圧倒的な軍備を誇るアンドルフ軍に対して超高性能戦闘機のアーウィンや地上戦用の戦車などを操り、 果敢に戦いを挑んでいったのである。
